En 1295 muere el rey Sancho nombrando a la reina tutora de su heredero don Fernando. Los nobles conspiran contra la reina, especialmente don Enrique, pariente de Sancho, que quiere compartir la tutoría del heredero. La negativa de la reina da lugar a una guerra civil y la reina viuda Violante se une a las intrigas reclamando el trono para su hijo Juan. María busca apoyo en el pueblo y comienza a hacer pactos, dejando a sus siete hijos repartidos en las distintas villas castellanas que le son fieles. Estas luchas internas son aprovechadas por don Dionis, rey de Portugal, que apoya al infante don Juan. María logra pactar con el rey portugués el tratado de Alcañices en donde consigue el apoyo para su hijo Fernando. El papa reconoce como legítimos a los hijos de Sancho y María al otorgar la dispensa al matrimonio, antes negada, y poco a poco el poder de María se va afianzando. Pero los nobles, sus enemigos, consiguen malmeter con su inexperto hijo Fernando, que la mantiene apartada cuando se casa con doña Constanza, hija de don Dionis de Portugal y doña Isabel.
Cuando el rey Fernando muere en batalla contra los moros, María asume de nuevo la regencia en nombre de su nieto menor, don Alfonso, sabiendo preservar ante todo la unidad de Castilla. Muere la reina en Valladolid en 1321.